Prima di intraprendere un’analisi etimologica del nome e parlare dell’origine del paese, sembra opportuno ricordare che il comune dei Bagnoli del Trigno è uno tra i più pittoreschi in Molise: questo perché il centro abitato si snoda attorno ad una ripida roccia su cui padroneggia l’antico castello. Cercare l’origine degli antichi nomi “Balneoli” o “Bagnuolo” sembra, ad ogni modo, un’ardua impresa. 
Si può, in ogni modo, risalire facilmente all’origine dell’appellativo “del Trigno”: questo fu istituito con un decreto del 1863 per distinguere il comune molisano da altri omonimi sparsi nel Regno d’Italia.
Bisogna, infine, affermare che il comune non ha un vero e proprio stemma storico e che ha rischiato di spopolarsi completamente nel 1532 quando la popolazione toccò la punta minima di ventisette abitanti. L’origine del paese è anteriore all’anno mille, ciò è stato scoperto grazie ad alcuni documenti che segnalano, inoltre, l’appartenenza del paese alla contea d’Isernia.
Intorno all’anno mille ad Isernia governava il conte Beraldo che, insieme alla consorte Gemma, fece edificare nell’agro un monastero dedicato a S.Benedetto nel 1002; attualmente, però il monastero è insito nella zona di Civitanova.
Come visto si hanno molte notizie di questo periodo, ma scarseggiano quelle che riguardano i successivi due secoli. All’instaurazione della monarchia angioina, nel 1269, Carlo I diede Bagnoli in feudo a Riccardo di Montefuscolo. Il paese rimase in questo casato per vari decenni fino ad intrecciare la sua storia con Castelmauro dal 1309 al 1415, divenendo soggetta alle famiglie Stendardo, Sauli alla regina Sancia, Cantelmo, Trinci e Mormile.
Quando nel 1430 la famiglia Mormile perse il feudo, Bagnoli passò ai dè Caldora che lo detennero fino al 1442.
Nel 1458, il feudo fu concesso, da Alfonso I d’Aragona, a Bernardo d’Aquino conte di Loreto. Quest’ultimo, deceduto nel 1461, lasciò Bagnoli al figlio Francesco che, a sua volta, lo concesse ad Antonella, consorte d’Innico d’Avalos.
Ciò portò il paese sotto la dominazione dell’antico casato iberico: infatti, alla morte d’Innico, acquisì il feudo Ferrante d’Avalos che, però, decise di venderlo ad Antonio Sanfelice.
Quest’ultimo, dopo aver parteggiato per i francesi nel 1532, si vide togliere tutti i possedimenti da Carlo V che assegnò Bagnoli ad Alfonso d’Avalos marchese di Vasto e principe di Montesarchio. Nel 1548, però, il borgo cambiò nuovamente intestatario essendo stato venduto a Piero Roderigo. Da quest’ultimo, dieci anni dopo, Bagnoli fu venduto a Giacomo Coscia.
Come se non bastasse, nel 1574 il feudo fu nuovamente venduto, stavolta a Giovan Vincenzo Sanfelice figlio del suddetto Antonio.
Alla morte di Giovan Vincenzo, successe il figlio Fabio che vendette il feudo al germano Cesare.
Il figlio di quest’ultimo, Marcantonio, fu suocero di Maddalena Caracciolo ed ebbe da lei, dopo il matrimonio con il figlio Cesare, quattro nipoti. Tra questi vi era Fabio che divenne unico feudatario nel 1654, successivamente sposò Laura Caracciolo; grazie a questo matrimonio continuò la stirpe fino a giungere ad un altro Fabio, pronipote del precedente, nel 1806.