Stando ai documenti la data di fondazione della chiesa di Santa Maria delle Monache si colloca tra il 591 e il 641.
Questo periodo e’ ribadito dal Chronicon Vulturnense che indica la chiesa come gia’ esistente nel 738.
Due iscrizioni attestano che l’edificio e’ stato sottoposta a trasformazioni: una e’ incisa sul campanile della chiesa, l’altra e’ collocata sul portale della biblioteca comunale e addita Landenolfo come il committente della costruzione di una parte della chiesa.
Gli ultimi restauri del 1970 hanno eliminato le tracce antiche della chiesa.

La chiesa oggi presenta una pianta basilicale a croce latina e alcuni dei suoi elementi risalgono all’epoca tardo-romana.
Il muro della facciata principale ospita una fila di cinque archetti pensili su ogni lato, con colonne la cui base ha le sembiante di una piramide capovolta.
Il muro a sinistra e' distrutto anche se sono ancora presenti gli archetti pensili in stile lombardo-pugliese.
Il portale e’ formato da due archi: uno ha inizio dagli stipiti in pietra, mentre l’altro si sostiene su due colonne con capitelli, decorati con motivi vegetali.
Della pianta a tre navate rimangono dodici colonne separatorie, sei per ogni lato. La navata centrale e’ stata danneggiata dagli interventi di ristrutturazione.
Oggi sono ancora presenti alcune volte della navata originaria che formano quasi un porticato all’aperto.
In fondo alla chiesa si possono osservare i resti delle absidi, invece nella zona centrale si trova un leone dalla linea snella dalle cui fauci scaturisce dell’acqua.
Il campanile ha la pienta quadrangolare ed e’ composto da quattro campane e da un orologio.
Accanto alla chiesa si trova il convento di Santa Maria delle Monache in cui si trova il museo archeologico di Isernia e gli uffici della sovraintendenza archeologica del Molise.