Il museo nacque a seguito di una serie di donazioni di oggetti di varie epoche nei decenni successivi all'Unità d'Italia.
Grazie all'intervento di un famoso archeologo Antonio Sogliano, giunto a Campobasso da Pompei, è stato possibile riorganizzare il materiale.
Fu fatto un inventario e il tutto fu esposto al pubblico secondo il criterio utlizzato in quegli anni all'interno degli altri musei.
Il museo nacque insieme alla biblioteca e fino agli anni novanta del XX secolo rimasero uniti anche se erano collocati in sedi diverse sempre però nella zona del centro storico di Campobasso.
L'istituto che risentì dei danni del tempo fu il museo; infatti durante la seconda guerra mondiale ha subito spoliazioni notevoli, si pensi a tutte le antiche monete e alcuni oggetti che avevano grande valore artistico e storico.
Durante la seconda guerra mondiale il museo era collocato nell'edificio dove oggi c'è la sede dell'istituto tecnico commerciale "L.Pilla".
Per circa un ventennio rimase chiuso, dopodichè fu riaperto al pubblico nell'anno 1995 all'interno del palazzo Mazzarotta situato nel centro storico di Campobasso.
Gli oggetti sono esposti seguendo un criterio di divisione in quattro gruppi: "le persone", "la casa", "le attività" e " i culti".
Gli oggetti di grande valore che vanno dal periodo preistorico a quello romano e qualcuno del tardo medioevo sono i centurioni di bronzo e le statuette votive sia di bronzo che di pietra; in aggiunta c'è una collezione di lucerne di epoca romana, strumenti litici e reperti del periodo pre/protostorico.
Una parte del museo è divenuta sede dei reperti archeologici delle necropoli di Campochiaro rtrovati di recente e risalenti al periodo longobardo.
Tra i tanti reperti ricordiamo la ricostuzione di una sepoltura di un cavaliere a cavallo.
In alcune sale dell'edificio vengono svolte anche attività didattiche.