Il Comune prende il nome da una chiesa che formò il primitivo nucleo dell’abitato, dedicata a S. Agapito, cittadino e patrono di Preneste.
Sant’Agapito faceva parte della Contea d’Isernia nel periodo longobardo mentre nel XII secolo divenne feudo di una famiglia omonima.
Nella prima metà del secolo XV, il paese fu dominio dei Gaetani. Giovannantonio Gaetani, il quale apparteneva alla famiglia comitale di Trivento, nel 1444 vendette il feudo ad Antonio d’Affitto per 4.200 ducati.
Nella prima metà del secolo XIV Sant’Agapito era intestata alla famiglia de Storrente, ma dal 1555 entrò in possesso di Gianfranco de Angelis di Teano.
Nella prima metà del secolo XVII Sant’Agapito passò in dominio della famiglia Provenzale.
Da questi, nel secolo XVIII, passò in feudo con titolo marchesale ai Caracciolo del ramo dei Pisquizi.