Questo comune prende il nome di S. Pietro da quello di un monastero benedettino che attrasse i coloni delle terre adiacenti determinando la formazione graduale del centro abitato.
L’aggiunta del termine “Avellana” desta qualche problema, in quanto alcuni pensarono che esso dipendesse dalle “avellane” (piante di nocciola) che abbondavano attorno al monastero, mentre altri pensarono invece che il termine derivasse dal latino “Ad Volana”, e che perciò il tempio si trovasse nel posto dove nell’antichità sorgeva la città di “Volana”, menzionata da Livio nel X libro.

Il monastero di Montecassino fu il primo ente ecclesiastico nel reame investito dei feudi di San Pietro Avellana per concessione dei principi longobardi intorno al X secolo.
Da tale periodo fino al 1785 il paese conservò il carattere di feudo ecclesiastico.
Il paese di S. Pietro Avellana fu sempre appartenente al contado del Molise, ma nel 1799 fu inserito nel Dipartimento del Sangro nel Cantone di Castel di Sangro.
Poi, nel 1807, il paese fu assegnato al Distretto d’Isernia ed al Governo di Rionero Sannitico.
Successivamente, dal 1811 al 1816, passò dal Circondario di Carovilli a quello di Capracotta.
Infine nel 1907 San Pietro Avellana fu inserito nel Mandamento di Carovilli.