Il paese di Filignano ha origini anteriori all’anno Mille dell’era cristiana, infatti, il suo nome compare in un documento del 962 riportato dalla “Cronaca Volturnese” con la dicitura di”Fundiliano”, che è sicuramente la più antica.
Nel corso dei secoli il nome si è tramutato in “Fondemano” per giungere infine alla dicitura odierna.
Di questo Comune non si conoscono notizie anteriori al 1528, anno in cui il feudo era posseduto da Girolamo Pellegrino.
Quest ultimo lo diede in dote alla figlia Margherita, sposa di Cesare Scaglione. Margherita nel 1538 cedette il feudo a GiovanVincenzo San Felice.
Nel 648 il titolare di Filignano era Gaspare di Montaquila.
Dai Montaquila il paese fu venduto alla famiglia Carracciolo, che ne detenne il possesso fino alla scomparsa del sistema feudale.
Filignano fu sempre terra campana sin dalle sue origini, fino a quando, nel 1807, essendo una frazione di Pozzili, fu compresa nel Distretto di Piedimonte e nel Governo di Venafro.
Nel 1840 il paese fu dichiarato Comune autonomo e nel 1861 fu aggregato alla provincia del Molise, nel Circondario d’Isernia.