Il nome del comune prende origine dal fatto che nell’antichità il territorio, dove oggi sorge il paese, era chiamato terra di “Magliano”, essendo sorto sui ruderi dell’antica e distrutta “Maglianello”.
Per parecchi secoli il paese era noto come Santa Croce dei Greci perché ospitava un’ingente colonia di albanesi che liturgicamente osservavano il rito greco.
Gli albanesi giunsero nel Molise intorno alla seconda metà del XV sec., guidate da Giorgio Castriota Skanderberg, al quale Ferdinando II d’Aragona aveva concesso territori, quale compenso per l’aiuto ricevuto contro le truppe dei D’Angiò.
Il primo documento che certifica l’esistenza di Santa Croce, è datato 1240 anche se non si esclude che il nucleo possa vantare natali più arcaici.
L’agro di Santa Croce, fu sballottato tra i vari casati legati ai signori che si avvicendarono nella conquista delle terre italiane del Sud.
Non sorprende quindi l’esistenza di testimonianze scritte che menzionano Santa Croce all’interno delle lotte tra personaggi storici quali Carlo V e Francesco I, suo ventennale rivale francese, in questo periodo il paese fu ceduto al demanio. Qui restò fino al 1707, anno in cui Telese Bartolomeo Ceva Grimaldi ne prese possesso.
Dopo la morte di questi, l’Imperatore Carlo VI cedeva il feudo ad un gentiluomo di corte, Rocco Stella di Modigno.
Suo nipote, nel 1734, fuoriuscì dal Reame per devozione agli Austriaci.
Per questo motivo nel 1755 Santa Croce giaceva nel demanio, e fu aggiudicata al duca Luigi Lante della Rovere, la cui figlia fu l’ultima titolare del feudo prima della fine del periodo feudale.
Il suo destino amministrativo fu comunemente soggiogato a Larino anche se nel 1811 fu elevata a capoluogo di Circondario avente alle proprie dipendenze Rotello, Montelongo, Bonefro, Collotorto e San Giuliano.
Nel 1862 Santa Croce fu teatro di un episodio gravissimo.
Il nascente parlamento italiano aveva predisposto un numeroso contingente di soldati volti a reprimere il brigantaggio, vero e proprio fenomeno di massa meridionale.
Detta popolazione, si ostinava a negare l’unità nazionale dalla cui istituzione nulla aveva conseguito, cui aveva vincolato un agognato cambio repentino della loro sorte, prontamente smentito.
Le campagne di Santa Croce erano afflitte da miseria e arretratezza tecnica e culturale, condividendo simile destino con le tenute dell’intero meridione.