La chiesa di S. Francesco risalente al 1604 è annessa all'omonimo convento cappuccino, nel cui refettorio si conservano due lunette di Paolo Gamba. Entrando nella chiesa l’attenzione dei visitatore è attirata dal complesso ligneo dell’altare maggiore e il polittico che riveste la parete.
Restaurato nel 1964, si presenta simile ad altri esistenti nei conventi della stessa provincia cappuccina e ciò in quanto pare che detti altari vennero creati tutti dalle stesse mani: quelle di frà Berardino da Mentone.
Ogni anno qui fanno tappa centinaia di pellegrini che vengono a visitare la cella di Padre Pio; infatti, il convento di Sant’Elia a Pianisi, dopo quello di San Giovanni Rotondo, è il luogo che ha ospitato più a lungo Padre Pio: quasi 4 anni.
A Padre Pio è dedicata anche una bellissima statua situata nella piazza.