L’origine di San Giovanni in Galdo è abbastanza conosciuta ed è posteriore all’anno Mille.
Vi è, però, un enigma che avvolge il nome e soprattutto l’origine dell’appellativo “in Galdo”.
Secondo varie fonti il paese sarebbe stato sottomesso ad una cittadina ormai scomparsa chiamata Gaudia o “Civitatis ad mare” (la sua esistenza è certificata da una bolla d’Innocenzo IV risalente al 1254), proprio a causa di questa subordinazione il paese accettò l’appellativo suddetto.
Quest’ultimo, però, cadde in disuso e fu restituito solo dopo il 1860 per distinguere il comune da altri omonimi presenti nel regno.
San Giovanni in Galdo fu concesso, dopo il declino della dominazione longobarda, in feudo alla badia di S. Sofia di Benevento, rimase un feudo ecclesiastico fino al 1785.
Alcuni sostengono, però, che il feudo sia appartenuto anche ai Conti di Molise che lo trasmisero ai Gambatesa o ai Monforte.
Queste opinioni, in ogni modo, non sono supportate da nessuna testimonianza concreta se non da alcune tradizioni orali e popolari.
Dal 1785, quindi, dopo la legge abolitiva, la giurisdizione del paese fu esercitata da un Governatore Regio.
Nel 1794, poi, Ferdinando IV di Borbone concesse l’amministrazione dei beni di S. Sofia al cardinale Fabrizio Ruffo, con obbligo di disporre soltanto dei due terzi delle rendite, il resto era riservato alla suddetta Curia.
In seguito agli eventi del 1799, anno in cui fu esiliata la famiglia reale, tutti i beni della curia di S. Sofia di Benevento passarono nelle mani di Fabrizio Ruffo. Quest’ultimo ricevette anche il diritto di nomina dell’abate “pro tempore” e l’unica condizione restrittiva imponeva che alla sua morte tutte le sue proprietà andassero al duca di Baranello.
San Giovanni in Galdo fu quindi una terra regia dal 1795 al 1806.