Di notevole importanza storica, la grotta nel corso degli anni è stata adibita a usi diversi.
Inizialmente è stata abitata dai primi seguaci di Papa Celestino per poi essere trasformata in tribunale dell' Inquisizione.
Successivamente a questo periodo è stata utilizzata come prigione ed infine come luogo per le esecuzioni capitali.
Tutt'oggi sono visibili i ganci dove venivano posizinate le travi per le impiccagioni.
Durante le guerre la Cripta è stata luogo di rifugio per gli abitanti del paese.
Dagli anni Settanta ad oggi è luogo di preghiera degli abitanti di Pietracupa.
Al suo interno, di grande interesse artistico, è custodito un crocefisso del 1500 privo di braccia, nonchè un'altare circolare caratterizzato dal palmento del vecchio mulino.
Di grande interesse artistico sono: la statua del Bambino Gesù in legno d' olivo proveniente da Nazareth e un calice in legno acquistato a Betlèm.
Ambedue sono stati benedetti personalmente da Papa Giovanni Paolo II, che vengono esposti ed utilizzati nelle feste di Natale, alla presenza di personalità, dei media, con la partecipazione di zampognari, torce, stelle filanti e musiche composte proprio per il paese.