Attigua al diruto convento di S. Francesco della Scarpa, che fu distrutto dai Turchi nel 1556, allorché incendiarono la chiesa e si perse il famoso Crocifisso di Anagni, salvato da Ottavio Ionata nel 1527 dalle mani dei Lanzichenecchi.
La chiesa aveva vaste rendite, che furono incamerate dal demanio con le soppressioni del 1809 e del 1867.
La chiesa fu restaurata nel 1890 e nel 1945 (e stata riaperta al culto nel 1952).