L’abitato appartiene alla tipologia dei centri molisani di origine medievale.
Nel secolo XIII si chiamava “S. Maria di Fossaseca”.
Nel 1862 il nome mutò in Fossalto. Il mutamento era dovuto, per evitare l’omonimia con due altre Fossaseca. La notizia più antica del paese risale al 1269.
In quest’anno Carlo I d’Angiò, la consegnò in feudo a Guglielmo Stendardo, prode cavaliere.
Nel 1410 Re Ladislao di Durazzo consegnò Fossalto a Niccolò Sanfromondo Conte di Cerreto.
Nel 1495 Fossalto fu dato in feudo ad Andrea di Capua duca di Termoli che fra il 1495 e il 1512 lo vendette. Dal 1512 alla prima metà del secolo XVIII in Fossalto si trovavano le signorie delle famiglie della Leonessa, da Ponte, Carafa e Piscicelli.
Nel secolo XVIII barone di Fossalto era Antonio Pellegrino che morì senza lasciare eredi.